Den Backofen auf 220°C (Umluft) vorheizen.
Auberginen auf ein mit Backpapier ausgelegtes Backblech legen und mit 1 EL Öl beträufeln. Für ca. 30 Minuten im Ofen rösten, dabei einmal wenden. Nach 30 Minuten die Tomaten und Paprikaschoten hinzufügen, mit 1 weiteren EL Öl beträufeln. Alles gut vermengen und erneut ca. 30 Minuten rösten, bis das Gemüse weich ist und die Schalen leicht runzlig sind.
Das geröstete Gemüse aus dem Ofen nehmen und abkühlen lassen. Sobald es handhabbar ist, das Gemüse schälen und die Stiele sowie Samen der Paprika entfernen.
In einem großen Topf 2 EL Öl bei mittlerer bis hoher Hitze erhitzen. Die Zwiebeln 10 Minuten anbraten, bis sie weich und leicht gebräunt sind. Knoblauch und Thymian hinzufügen und 5 Minuten weiter braten.
Gewürze und Tomatenmark einrühren und 2 Minuten mitbraten. Das geschälte Gemüse zusammen mit der Bratflüssigkeit in den Topf geben. Mit einem Kochlöffel zerdrücken und die Brühe sowie 2 TL Salz hinzufügen. Aufkochen lassen und bei mittlerer Hitze 10 Minuten köcheln lassen.
Vom Herd nehmen und die Suppe mit einem Stab- oder Standmixer glatt pürieren.
In einem kleinen Topf 2 EL Öl bei mittlerer Hitze erhitzen. Die Mandeln unter ständigem Rühren 3-4 Minuten rösten, bis sie leicht gebräunt sind. Vor Ende der Bratzeit Thymian, Gewürze und Meersalzflocken hinzufügen. Vom Herd nehmen und abkühlen lassen, dann Petersilie und Essig unterrühren.
Die Suppe auf Schalen verteilen, das Mandel-Topping daraufgeben und servieren.